Difference between revisions of "Parasite Experiment ontology"

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*data
 
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 +
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 +
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 +
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****[[organism]]
 
****[[Organism_Strain|organism_strain]]
 
****[[Organism_Strain|organism_strain]]
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****[[Genome|genome]]
 
****[[Genome|genome]]
 
*****[[Transfected_Genome|transfected_genome]]
 
*****[[Transfected_Genome|transfected_genome]]
−
*****[[Region|region]]
+
****[[Region|region]]
−
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+
*****[[Gene|gene]]
−
******[[Gene|gene]]
+
*****[[Intergenic_Region|intergenic_region]]
−
******[[Intergenic_Region|intergenic_region]]
+
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 +
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 +
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 +
*******[[3_Prime_Intergenic_Reverse_Region|3_prime_intergenic_reverse_region]]
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***spatial_parameter
 
****[[Freezer_Location|freezer_location]]
 
****[[Freezer_Location|freezer_location]]
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***temporal_parameter
 
***temporal_parameter
 
****[[Date_Time_Description|DateTimeDescription]]
 
****[[Date_Time_Description|DateTimeDescription]]
 +
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 +
*****[[DateOfLastModification|dateOfLastModification]]
 +
*****[[DateStarted|dateStarted]]
 
*process
 
*process
 
**[[Gene_Knockout_Process|gene_knockout_process]]
 
**[[Gene_Knockout_Process|gene_knockout_process]]
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 +
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 +
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 +
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 +
<li>[[2 Prime Reverse Primer]]</li>
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 +
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 +
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 +
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 +
<li>[[3 Prime Reverse Primer]]</li>
 +
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;A
 
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−
<li> [[Accession Number]]</li>
+
<li> [[Accession Number]]</li>
−
<li> [[Allele Designation]]</li>
+
 
<li> [[Amastigote]]</li>
 
<li> [[Amastigote]]</li>
 
</ul>
 
</ul>
 +
 +
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 +
<ul>
 +
<li>[[Blood Stream Form Trypomastigote]]</li>
 +
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−
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+
<li>[[Cell Cloning]]</li>
 
<li>[[Chromosome]]</li>
 
<li>[[Chromosome]]</li>
−
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+
<li>[[Cloned Sample]]</li>
−
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+
<li>[[Cloned Sample Designate]]</li>
 
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<li>[[Culture Medium]]</li>
 
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<li>[[Culture Parameter]]</li>
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 +
<li>[[Date Completed]]</li>
 +
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 +
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<li>[[Date Time Description]]</li>                                         
 
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<li>[[Drug]]</li>
 
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<li>[[Drug Attribute]]</li>
−
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+
<li>[[Drug Concentration]]</li>
−
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+
<li>[[Drug Resistant Plasmid]]</li>
−
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+
<li>[[Drug Selected Sample]]</li>
−
                                        <li>[[Drug Selection]]</li>
+
<li>[[Drug Selection]]</li>
 
                                 </ul>
 
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<li>[[Epimastigote]]</li>                                         
 
<li>[[Epimastigote]]</li>                                         
−
<li>[[Experiment Notes]]</li>
 
−
<li>[[Experiment Justification]]</li>
 
 
                                          
 
                                          
 
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−
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<li>[[Freezer]]</li>                                       
 
<li>[[Freezer Location]]</li>
 
<li>[[Freezer Location]]</li>
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<li>[[Gene]]</li>
−
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+
<li>[[Gene Function]]</li>        
−
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+
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<li>[[Genome]]</li>
 +
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−
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+
<li>[[Host organism]]</li>
−
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+
<li>[[Hybridisation]]</li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
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−
                                        <li>[[Intergenic Region]]</li>
+
<li>[[Intergenic Region]]</li>
 
                                          
 
                                          
 
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<li>[[Kinetoplast Position]]</li>                                         
 
<li>[[Kinetoplast Position]]</li>                                         
 
<li>[[Knockout Construct Plasmid]]</li>
 
<li>[[Knockout Construct Plasmid]]</li>
−
                                        <li>[[Knockout Plasmid]]</li>
+
<li>[[Knockout Plasmid]]</li>
 
<li>[[Knockout Plasmid Construction]]</li>
 
<li>[[Knockout Plasmid Construction]]</li>
 
<li>[[Knockout Project Protocol]]</li>
 
<li>[[Knockout Project Protocol]]</li>
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−
                                        <li>[[Labelling]]</li>
+
<li>[[Labelling]]</li>
 
<li>[[Laboratory Experiment Parameter]]</li>
 
<li>[[Laboratory Experiment Parameter]]</li>
−
                                        <li>[[Lifecycle stage]]</li>
+
<li>[[Leishmania SP Amastigote]]</li>
−
<li>[[Log base2 Ratio]]</li>                                </ul>
+
<li>[[Lifecycle stage]]</li>
 +
<li>[[Log base2 Ratio]]</li>                                 
 +
                                </ul>
 
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                                 <ul>
 
                                 <ul>
−
                                        <li>[[Medium]]</li>
+
<li>[[Metacyclic_Promastigote]]</li>
−
                                        <li>[[Microarray Analysis]]</li>
+
<li>[[Metacyclic_Trypomastigote]]</li>
−
<li>[[Microarray ANOVA Cluster]]</li>
+
<li>[[Microarray Analysis]]</li>
 
<li>[[Microarray Oligonucleotide]]</li>
 
<li>[[Microarray Oligonucleotide]]</li>
−
                                        <li>[[Microarray Plate Reader]]</li>
+
<li>[[Microarray Plate Reader]]</li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
  
 
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                                 <ul>
 
                                 <ul>
−
                                        <li>[[Nucleic Acid]]</li>
+
<li>[[Nucleic Acid]]</li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
  
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                                 <ul>
−
                                        <li>[[Peptide count]]</li>  
+
<li>[[Peptide count]]</li>  
−
                                        <li>[[Phenotype]]</li>     
+
<li>[[Phenotype]]</li>     
−
                                        <li>[[Plasmid]]</li>
+
<li>[[Plasmid]]</li>
−
                                        <li>[[Plasmid Construction]]</li>
+
<li>[[Plasmid Construction]]</li>
−
<li>[[Plasmid Construction Step]]</li>
+
<li>[[Polymerase Chain Reaction]]</li>
−
                                        <li>[[Polymerase Chain Reaction]]</li>
+
<li>[[Prehybridisation]]</li>
−
                                        <li>[[Prehybridisation]]</li>
+
<li>[[Primer]]</li>
−
<li>[[Priority]]</li>
+
<li>[[Priority]]</li>
−
<li>[[Probability]]</li>
+
<li>[[Probability]]</li>
 +
<li>[[Procyclic Promastigote]]</li>
 +
<li>[[Procyclic Trypomastigote]]</li>
 
<li>[[Promastigote]]</li>  
 
<li>[[Promastigote]]</li>  
 
<li>[[Protein group number]]</li>
 
<li>[[Protein group number]]</li>
Line 246: Line 295:
 
                                 <ul>
 
                                 <ul>
 
<li>[[Region]]</li>                                         
 
<li>[[Region]]</li>                                         
−
<li>[[Researcher]]</li>
+
<li>[[Researcher]]</li>                                         
−
<li>[[Researcher Note]]</li>                                         
+
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 
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                                 <ul>
 
                                 <ul>
−
                                        <li>[[Sample]]</li>
+
<li>[[SAM Result]]</li>
 +
<li>[[Sample]]</li>
 
<li>[[Sample Characterization]]</li>
 
<li>[[Sample Characterization]]</li>
 
<li>[[Scanning]]</li>
 
<li>[[Scanning]]</li>
 
<li>[[Sequence Coverage]]</li>
 
<li>[[Sequence Coverage]]</li>
−
                                        <li>[[Sequence Extraction]]</li>
+
<li>[[Sequence Extraction]]</li>
−
                                        <li>[[Signal Intensity]]</li>
+
<li>[[Signal Intensity]]</li>
 
<li>[[Spectral Count]]</li>
 
<li>[[Spectral Count]]</li>
 
<li>[[Stage Purity Determination]]</li>
 
<li>[[Stage Purity Determination]]</li>
Line 262: Line 311:
 
<li>[[Statistical Measure]]</li>
 
<li>[[Statistical Measure]]</li>
 
<li>[[Status]]</li>
 
<li>[[Status]]</li>
−
                                        <li>[[Strains]]</li>
 
 
<li>[[Strain Creation Process]]</li>
 
<li>[[Strain Creation Process]]</li>
 
<li>[[Strain Creation Protocol]]</li>
 
<li>[[Strain Creation Protocol]]</li>
Line 270: Line 318:
 
<li>[[Target Region Plasmid]]</li>                                         
 
<li>[[Target Region Plasmid]]</li>                                         
 
<li>[[Tcruzi Lifecyclestage Subsample]]</li>
 
<li>[[Tcruzi Lifecyclestage Subsample]]</li>
−
                                        <li>[[Tcruzi Sample]]</li>
+
<li>[[Tcruzi Sample]]</li>
−
<li>[[Technician Note]]</li>
+
 
<li>[[Temperature Condition]]</li>
 
<li>[[Temperature Condition]]</li>
 
<li>[[Transcriptome Process]]</li>                                         
 
<li>[[Transcriptome Process]]</li>                                         
−
<li>[[Transcriptome Protocol]]</li>
 
 
<li>[[Transfected Genome]]</li>                                         
 
<li>[[Transfected Genome]]</li>                                         
 
<li>[[Transfected Sample]]</li>
 
<li>[[Transfected Sample]]</li>
−
                                        <li>[[Transfection]]</li>
+
<li>[[Transfection]]</li>
−
                                        <li>[[Transfection Buffer]]</li>
+
<li>[[Transfection Buffer]]</li>
−
                                        <li>[[Transfection Machine]]</li>
+
<li>[[Transfection Machine]]</li>
 +
<li>[[TRG Intra Lab Parameters]]</li>
 +
<li>[[Trypanosoma Brucei Epimastigote]]</li>
 +
<li>[[Trypanosoma Brucei Metacyclic Trypomastigote]]</li>
 +
<li>[[Trypanosoma Brucei Trypomastigote]]</li>
 +
<li>[[Trypanosoma Cruzi Amastigote]]</li>
 +
<li>[[Trypanosoma Cruzi Metacyclic Trypomastigote]]</li>
 +
<li>[[Trypanosoma Cruzi Trypomastigote]]</li>
 
<li>[[Trypomastigote]]</li>
 
<li>[[Trypomastigote]]</li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>

Revision as of 16:50, 11 January 2011


What is Parasite Experiment Ontology (PEO)?

The ontology comprehensively models the processes, instruments, parameters, and sample details that will be used to annotate experimental results with “provenance” metadata (derivation history of results). For example, given a drug selected sample (a sample that has been grown under selective drug pressure. source: Parasite Experiment ontology), details about the drug, drug concentration, the duration for the drug selection process, and the transfected sample used as input to the drug selection process are modeled in the ontology. This extensive provenance metadata modeled in this ontology will enable publication of results in journals, conferences with details of the method used to arrive at the result. PEO has 110 classes and 27 properties with a logic expressivity of ALCHQ(D) and incorporates concepts defined in Parasite Life Cycle ontology (PLO) to maximize reuse of existing ontological resources. The new version of PEO (ver 0.2) was released for listing and public use at NCBO’s BioPortal in December 2009.

Snapshot of class hierarchy of the parasite experiment ontology using Protege toolkit. Detail of this ontology is available at NCBO BioPortal
List of ontology classes
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